北京市昌平区纪委监委组织机构包括：内设职能部门、所属事业单位和派驻（出）纪检监察机构。
内设职能部门：办公室、组织部、宣传部、研究室、信访室、党风政风监督室、案件监督管理室、纪检监察干部监督室、案件审理室；第一监督检查室、第二监督检查室、第三监督检查室、第四监督检查室、第五审查调查室、第六审查调查室、第七审查调查室、第八审查调查室。
所属事业单位：北京市昌平区廉洁文化建设中心、北京市昌平区纪检监察技术保障中心、北京市昌平区监督执纪执法保障中心。
另外，设有昌平区纪委监委派驻（出）纪检监察机构：区委办公室纪检监察组、区委组织部纪检监察组、区委宣传部纪检监察组、区委政法委纪检监察组、区委教育工委区教委纪检监察组、区委农工委区农业农村局纪检监察组、区委社会工委区民政局纪检监察组、区政府办公室纪检监察组、区发展改革委纪检监察组、区住房城乡建设委纪检监察组、区城市管理委纪检监察组、区卫生健康委纪检监察组、区应急管理局纪检监察组、区市场监督管理局纪检监察组、区国资委纪检监察组、区委未来科学城工委纪检监察组、区直机关纪检监察工委。