北京市昌平区纪委监委组织机构包括：内设职能部门、所属事业单位和派驻（出）纪检监察机构。
内设职能部门：办公室、组织部、宣传部、研究室、信访室、党风政风监督室、案件监督管理室、纪检监察干部监督室、案件审理室；第一监督检查室、第二监督检查室、第三监督检查室、第四监督检查室、第五审查调查室、第六审查调查室、第七审查调查室、第八审查调查室。
所属事业单位：纪检监察技术保障中心、反腐倡廉宣传教育中心、电子监察中心。
另外，设有昌平区纪委监委派驻（出）纪检监察机构。